explorer.exeをコピーして比較すると一致しません。

まず初めに書いて置きますが、僕は文章を書くのは得意ではないので読みにくかったらもうしわけありません。
OSはwindows8.1、システムドライブはSSD、ドライブレターはC:\です。
最近、Windowsで作業中に、時々Explorerがフリーズします。
調べてみるとWindowsUpdateの問題のようで、修正パッチが公開されていたので当てました。
それからまだフリーズは発生していません。
一応この問題は解決はしたようなのですが、一つ疑問が残るのです。

WindowsUpdateの問題だと分かる前、色々暗中模索していたのですが、
C:\Windows\explorer.exe（以下explorer.exe）をコピーし、コピー先とコピー元とのバイナリを比較してみると、一致しないのです。（コピー元はそのままで、コピー先のファイルが書き換わっている）
さらに、そのコピー先のファイルは、問題のWindowsUpdateを当てる以前のバックアップのexplorer.exeとバイナリが一致します。
うろ覚えですがC:\Windows\regedit.exeなどもその症状だった記憶があります。

フリーズの問題は解決しつつありますが、SSDの破損かと思うと気持ちが悪いので、
どなたか原因が分かる方はいらっしゃいませんか？
回答お待ちしています。