エクセルデータに、５０００件ほどの重複を含む単語があります。全ての単語を抽出し（重複を除き）、その各単語が幾つあるかを数えたいのですが、方法はありますでしょうか。

下記、2つの条件を満たせば、ピボットテーブルで簡単に集計可能です。
(※その他の集計方法でも、下記2つは必須かと思います…)

・集計したい単語は1列に入力
・一番上の行に見出しを設定

設定方法は、下記のページが分かりやすいと思います。
http://haku1569.seesaa.net/article/127811887.html

不明な点があれば、コメントにてご質問ください。

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追記：

紹介したページではピボットテーブルの挿入方法が省略されていますね。

1行目に見出しを含む集計したいデータ範囲を選択して、[挿入]リボンから
ピボットテーブルをクリックし[OK]をクリックします。
そうすると右側にフィールドリストが表示されるので、
紹介したページを参照して設定を行ってください。

余談：
集計方法によっては見出しは必ずしも必要ないかな…。(^^;
とは言え、今回の場合、見出しを設定してピボットテーブルを
利用するのが一番簡単かと思います。

フィルタかソートで抽出して、端から端までドラッグすると個数わかるよ。

一行一単語にした上で、コマンドだと、uniqで重複行を削除、wc -lで行数を表示

集計でCountを選択すれば件数が出ます。
https://m.youtube.com/watch?v=ZtkEMHz-l8k

１列にデータがあるなら（例えば氏名のうち姓と名前が別列で登録され、姓の件数を調べたいとき）
氏名が１列にあってその姓だけ個数を調べるようなデータだと無理です。

並び替えて集計を使う方法
http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Excel2007/excel2007-syukei.html#syukei
この集計の方法：「合計」を「データの個数」にします。