iphoneとAndroidのアプリを開発をしてる方に質問です。

各種クロス開発環境
http://qiita.com/Mono/items/137e375e206cfa9dcc87

企業向けの情報アプリや独自サービスのクライアントアプリが中心ですが
純正環境でそれぞれ開発することが殆どです。

自身の感覚でものを言うと、クロス開発環境というのは
これが決定版というものはなくて、開発するアプリの目的に併せて選ぶ必要があるので、
合わないものを掴んでしまうと、結果遠回りになるリスクもあるかとおもいます。

以前Titaniumで構築したAndoridアプリを純正環境にて再開発を受けたときは
「想定した性能がでなかった」という理由でした。（大分前なので、現在は不明）

Unityなんかはゲーム前提なので
ゲーム開発用途以外でも使えなくはないでしょうけど、
学習コストとかを考えると、二の足を踏んじゃいますね。

とくに企業での開発では、運用保守を考えると
自分ひとりが使えればいいというわけにはいかないので。

別個に開発でコストが掛かる部分は必要経費と割り切って
単純な情報表示部分をWebビュー（中身はWebサービス）にしてコストを抑えるとかですかね
（※全部それで済ませるとAppleに「もうそれブラウザでいいじゃん」ってリジェクトされます）

プロジェクトの場合には両方に対応するという要件に合わせて期間だったり体制を組みますので、基本的にネイティブで作ります。
swift は Objective-C の癖のある書き方が薄まっているので注目はしていますが、まだ様子見と言ったところです。
Webサービスの部隊がプロトタイプを作るときに Monaca を使ってるのを見たことはあります。