3Dプリンタで出力されたものに着色するにはどうしたら良いのでしょうか?

基本的にはプラモデルでの塗装と同じです。ただし造形物全体を一括で出力した場合は、当然ながら入り組んだ所が塗装困難になります。必要に応じてパーツを分けて出力すれば、後はプラモデルの塗装と大差ありません。
また、パーツ分けして出力する際に、パーツ毎に材料の色を変えることで塗装の手間を省く事もできます。業務用等の高級機なら、同時に複数色の材料を並行して使って出力できるものもあります。

ただし、出力に使う材料によって塗装困難になる場合もあります。
個人用として現在主流のFDM（熱溶融積層）方式の3Dプリンタでは、一般的に材料としてABSとPLAの2種類が使用出来ます。ABSはPLAに比べて出力難易度が高いため、安価な3DプリンタではPLA専用の物もあります。

ABSはそれこそ本物のプラモデルにも使用される材質なので塗装するのに不都合はありませんが、PLAの方は材質的に塗料が乗りにくく、こちらでは綺麗に塗装するのは難しくなります。
また、FDM方式では薄い層を下から順に重ねていくことで造形しますので、積層ピッチ（一層あたりの厚み）が大きいと表面に微妙な階段状の段差が生まれ、塗料が隙間に沿って流れてしまう事も起こります。