javascriptでサーバーにあるCSVファイルをD3.jsで読み込んでいるのですが、読み込むタイミングが悪いのか、時々うまくデータを読みこまないことがあります。その場合、少し待ってからブラウザのreloadを何度か押すとうまく読み込んでくれるのですが、サーバーからデータを確実に読み込んでから次の処理に進ませるにはどうしたらいいでしょうか？

これはコールバック関数の中にコードを入れた場合、そのコードが先に実行されて
次にCSVのデータを取ってくるという順番になるのでしょうか？

違います。
「コールバック (call back)」とは、その名の通り、呼び返されるものです。
d3.csv は、データを取ってきた後にコールバック関数を呼び出します。

無名関数でコールバック関数を作ると、ちょっと分かりづらいのかもしれません。
普通に function 文でコールバック関数を用意すると、こんな感じになります。

// コールバック関数の定義（実行じゃない）
function my_callback_function(data) {
    //CSVファイルのタイトルの一行目の文字だけを選択する。
    title0 = data.map(function(d) { return d[para]; });
    ...
}

//CSVファイルからクイズのタイトルを読み取る　
var dataset0 = [];
// d3.csv の呼び出し。
// パラメータとして関数を渡すと、d3.csv が呼び出してくれる。
d3.csv([parafilename], my_callback_function);

あと、一連の流れで、全体のスクリプトの一番先頭にd3.jsのコードを書いてスクリプトの最初のほうでデータをサーバーから取ってくるようにした場合、コールバック関数の中に入れる初期設定のコードは１行程度でいいのか、あるいは初期設定のコードが何行かに渡っている場合、それらを全部コールバック関数に中に入れたほうがいいのか、どのあたりはどうしたらいいでしょうか？

d3.csv で取ってくるデータを使う処理は、全てコールバック関数の中から呼び出します。
先に書いた通り、データを取得した後にコールバック関数が呼ばれるのですから。
とはいえ、コールバック関数が長くなるとソースが見づらいなあ、ということはあると思います。
処理の単位で関数化しておくのが良いのではないかと思います。

// ページ全体の読み込みが終わってから javascript を実行する（jQuery の仕組み）
$(function() {

    d3.csv([parafilename], function(data) {
        // CSV のデータで画面の初期化をする処理を呼び出す
        initialize_question(data);
    });

    // CSV のデータが取れてなくてもできる処理があれば、これ以降に書く
    ...
});

// CSV のデータを使って、画面の初期化をする処理
function initialize_question(data) {
    ...
}

複数あるD3.csvコードの一番最後のコードのコールバック関数にd3.csvで呼び出したデータを使って画面表示させるところだけを関数化して、d3.csvのコールバック関数に入れてみました。

これ、たまたまのような気がします。
全部揃ったら実行する、というふうに書いておいた方が確実です。

var data1, data2, data3;

// ひとつ目
d3.csv("1.csv", function(data) {
    data1 = data;
    init();
});

// ふたつ目
d3.csv("2.csv", function(data) {
    data2 = data;
    init();
});

// みっつ目
d3.csv("3.csv", function(data) {
    data3 = data;
    init();
});

// 初期化処理
function init() {
    // みっつの内、どれかが設定されてなかったら抜ける
    if (!data1 || !data2 || !data3) {
        return;
    }

    // みっつ全部そろったら処理を行う
    ...
}