Windows8.1でログイン前にバックグラウンドでプログラムを実行したい

一般に、Windowsでシステム起動と共にアプリを起動するためには、そのアプリが「サービス」である必要があります。
サービスアプリケーションは、通常のWindowsアプリとは異なる専用の実装をされており、普通のアプリをそのままサービスとして登録することは出来ません。
そもそも、ユーザーがログオンする前に実行されるということは、そのアプリは利用ユーザーとは異なる独自のセッションで動作するという事ですので、その動作環境に対応するための特別な実装が必要なのです。

ただ、その差異を無理矢理に対応して、任意のアプリをサービスに登録するツールは存在します。MSが提供するWindowsリソースキットの「srvany」というツールを使えば、一応任意のアプリをサービス登録し、システム起動と共に起動させることは可能です。

しかし、これで質問者さんの問題が解決できるかどうかは分かりません。その「リモート操作を行うアプリ」がどういう物かは分かりませんが、そのアプリが「ログオン前に起動された場合」に対応していないなら、起動は出来ても正しく動作しない可能性が高いでしょう。
「リモート操作を行う」ということは、恐らく動作PCのユーザーセッションに対しての干渉をするということでしょう。そういうアプリがログオン前起動を考慮して作られていたなら、普通はアプリ自身にサービス起動する設定があるはずですので、その設定がない時点で正常動作は望み薄と言えます。