whois上に登録されているDNSとは異なるDNSで運用することはできるのでしょうか

whois上にはDNSとして『ns.hoge.com』が登録されているとします。
『fuga.co.jp』のゾーン情報を、別に用意した『ns.piyo.net』に設定してwebやメールを運用しているサーバーがあるのですが、どのような設定で、どのような動作をしているのかがわかりません。


通常、DNSの動作としては、ルートサーバーから各ゾーンをたどっていき、最終的に目的のサーバーを知っているDNSに誘導されるものだと理解しています。
http://atnetwork.info/tcpip2/tcpip212.html

whoisに登録した『fuga.co.jp』ドメインと『ns.hoge.com』ネームサーバー情報は、gTLDネームサーバーに登録されると思うのですが、どのタイミングで『ns.piyo.net』を参照しに行くのでしょうか。

また、AレコードやCNAMEの場合と、MXやTXTの場合で、DNSの参照動作が異なるという事はあるのでしょうか。