パソコンを起動すると、時々変なポップアップが出てきます。

パソコンを初期化すればいいんじゃないでしょうか。

私も回答１の初期化に一票かなぁ。
CALL:(844)763-5838
を検索条件にして検索すると、
http://www.google.co.jp/search?q=CALL%3a%28844%29763-5838

今、流行中なのか？いろいろと出てきますが、
困って焦っている人をさらにカモにするような
簡単にクリック一発で除去できますよ
と一見親切なんだけど、
別の
駆除しないでもっとひどいソフト追加で組み込んだり
そんな悪人もいるので。
※本当に親切なサイトや駆除ソフトもありますが、
　一部極悪な傷口に塩を塗り込むソフトもあるので・・・

駆除ツールを起動 実行時、
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
システムに変更を加えようとしています
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
なんて警告メッセージがシステムやウイルス対策ソフトから出ても、
あっ、駆除するんだから、システム変更するのは当然だよね
はい　・・・ を 選んでしまうなぁ。

どうせ初期化するんだから、
さらに悪化・壊れてもいいやと思ってやる人もいますが、
被害が自分だけならいいのですが(よくないけど)
メールの連絡先を抜かれて、友人や取引先に別なソフトをばらまかれたり・・
まぁ、言い出したらキリがないのですが。



長々書いて、できません、知りませんの回答ですみませんでした。
信頼できる駆除ツール・サイトを紹介してくれる回答者様が現れることを願いつつ、、、

約１ヶ月前にその広告が出なくなったと言っている人がいます。
あくまで「出なくなった」ということであって、
原因がはっきりした上で取り除かれたことまで確認できた
というわけではないので信頼性としては弱いですが、
「どうやら除去できたか」とは思えるようになるまで、
１０日ほどの間の主な試行内容が報告されている点、
暫定的な情報価値は認められると思います。

迷惑詐欺広告が表示される。（教えて！goo 2016/05/16～28解決済）
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/9278244.html

ざっくり流れがわかる要点らしい部分を抜粋しておきますね。
質問内容から：

2日前にフリーのCADソフトを起動してデータファイルを開こうとすると別紙写真の詐欺広告CALL:(844)763-5838が示されるため、×印で消すとCADソフトも一緒に消され使用できなくなりました。
ウイルスバスター クラウドで全体スキャンするとCADソフトを起動しても詐欺広告は出なくなり使えるようになりましたので安心していましたが、昨日別のソフトを起動すると、また現れました。

2016/05/22 20:54のお礼内容から：

検出・駆除ソフトは ➀Malwarebytes Anti-Malware → ②ノートンパワーイレーサー → ③Panda Cloud Cleanerで土曜日にチェックして検出したものは駆除しました。
今のところ [WARNING!] は出没していませんが一週間ぐらい様子を見てから結果を報告致します。

2016/05/24 18:33のお礼内容から：

今のところ出没していないということはMalwarebyteおよびほかのソフトが除去してくれたみたいです。
しかし、色々やってるうちに写真やpdfが全部および一部削除されてました。
どのソフトが犯人か不明ですが以後、気をつけけたいと思います。

2016/05/26 18:12の補足内容（最終）から：

紹介していただきましたMalwarebyte Anti-malwareを土曜日に
入れてから現在まで問題の広告は出なくなりました。