交際相手（40代男性）が性器カンジダになったらしいです。私（20代女性）はなっていませんが、感染したくないので、性交を断りました。感染しないから、したいと言われますが、断るのに罪悪感があります。

性器カンジダの病原体であるカンジダ自体は全ての人の体に元々存在しており、普通の免疫を持ってる人ならばカンジダの増殖を抑えていますから、性器カンジダ症になる可能性は高くはありません。
しかしながら、どれだけ対策をしても性器カンジダ症を発症する可能性もあります。
私は所詮獣医学部なので、専門家ほど詳しくありませんから、適切なアドバイスができません。
再び性行為をするならば、交際相手の男性と一緒に病院へ行って、どちらとも問題ないと医師に言われれば普通に性行為をして大丈夫だと思います。

僕は断るという選択も良いと思います。性感染症を防ぐには性行為をしないという選択が一番ですからね。断る勇気も大切ですよ。