macのキーボードのショートカットキーについて質問です。

エディタならそのエディタのキーバインディング設定から変更できるでしょう。

例えば Sublime Text 3 の場合だと Sublime text → preferences → keybindings で表示されるユーザー設定ファイル（~/Library/Application Support/Sublime Text 3/Packages/User/Default (OSX).sublime-keymap）に次のように記入すると無効化されます。

[
	{ "keys": ["super+down"], "command": "null" },
]

Atom なら Atom → keymap... で表示される設定ファイル（~/.atom/keymap.cson）に次のように記入すると無効化されるはずです。

'body':
  'cmd-down': 'null'