javascriptで以下のプラグインを使って<div>で指定した箇所のみを印刷させたいのですが、

例えば、印刷時のみに有効なCSSを使う？などを考えてみましたが、いい方法があれば是非教えてください。

それで良いんじゃないでしょうか。

<div id="printarea" class="printarea">
  ～
</div>

@media print {
    .printarea img {
        width: 200px;
        height: 200px;
    }
}

というような感じで。
対象の領域には、クラス属性をつけて、そのクラスに対してスタイルを指定するほうが良いです。
＃ そんな作りのプラグイン　:-/

あと、その jPrintArea.js というやつは外部スタイルシートしか反映してないので、印刷用のメディアクエリの指定も外部スタイルシートに混ぜておく必要があります。

style タグの指定を反映させたいということであれば、プラグインを直さなくちゃいけません。
こんな感じに修正します。

jQuery(document).ready(function($){
  $.jPrintArea=function(el){
    var iframe=document.createElement('IFRAME');
    var doc=null;
    $(iframe).attr('style','position:absolute;width:0px;height:0px;left:-500px;top:-500px;');
    document.body.appendChild(iframe);
    doc=iframe.contentWindow.document;
    var links=window.document.getElementsByTagName('link');
    for(var i=0;i<links.length;i++)
      if(links[i].rel.toLowerCase()=='stylesheet')
        doc.write('<link type="text/css" rel="stylesheet" href="'+links[i].href+'"></link>');
    // ★ここから
    $("style").each(function() {
      doc.write('<style>' + this.textContent + '</style>');
    });
    // ★ここまで
    doc.write('<div class="'+$(el).attr("class")+'">'+$(el).html()+'</div>');
    doc.close();
    iframe.contentWindow.focus();
    iframe.contentWindow.print();
    alert('指定された範囲のみプリントします');
    document.body.removeChild(iframe);
  }
});