バスパワー給電のUSBHDDを使っているのですが、windowsやLinuxで安全な取り外しやアンマウントを実行しても、USBポートから抜くと「ピキュゥゥ」という、HDDが強制停止した時のような音が鳴ることが毎回あります。このため、PCのシャットダウンと同じようにしてバスパワーの給電をストップさせたいのですが、何か良い知恵はありませんでしょうか？

多分、やりたいのは給電停止じゃなく、給電したままスピンダウンすることじゃないでしょうか。
その場合、hdparmが使えるんじゃないでしょうか。
https://linuxjm.osdn.jp/html/hdparm/man8/hdparm.8.html
https://server-setting.info/blog/hdd-spindown.html
http://disablehddapm.blogspot.jp/
省電力モードの設定の例が多いのですが、-Yオプションで即時sleep出来るようです。
Windowsの場合は、Cドライブがhda、Dドライブがhdb……となるっぽいです。
事前に-iオプションで確認しといたほうがよいでしょう。

ちなみに、コメントにもありますが、ケーブルを抜くのも給電を停止するのも、どちらも電源を断つ事に変わりないので、HDDの動作も同じで「HDDが強制停止した時のような音が鳴る」事に変わりないでしょう。
それでもやってみたいとかの場合、以下の記事とかそのリンク先などが参考になります。
https://srad.jp/comment/2922990
これは節電HUBとか対応するHUBを買う話になってますが、安物HUBを介さずPC直付けでも対応している事が多いと思います。
あと、定期的に電源ON/OFFでUSB機器をリセットしたい話なので、Windowsの場合はコマンドでHUBのリセットをすると電源ON/OFF出来るって話になってますが、電源OFFならHUBではなく繋がってる機器をデバイスマネージャーから無効にすれば電源が切れてくれるかもしれません（ただし、無効に出来ないとか、するには再起動が必要とかありえますが）。
あと、再起動したり抜き差ししたときに無効のままになってるとか、その時不要な電源ON/OFF（というかヘッド退避）が発生しないかとかの懸念はあります。

あと、結局どの方法でもHDDとしては停止方法は変わらず、「HDDが強制停止した時のような音」が、実際には正常な停止音である可能性もあります。
バスパワーなHDDなら突然の電源OFFも通常の事として設計すべきだし、今時のHDDはそうなってたと思う。
あと、SMARTのは、単純に通電時間だったり、むしろスピンダウン／アップの回数だったり（通常の電源OFF時のも含む）ヘッド退避の回数だったりで、実際のところ、何の目安にもならなかったりします。