phoshopの特定のレイヤーに鉛筆ツールなどで絵を書き、その出来上がるまでの過程を動画にキャプチャする方法を教えてください。

これだと第二の手順で表示レイヤー変更手順も再現されそうな気がしますね。
でも自分もたまに「この時間なんだろう」と思うような空白の間（どうやら下書きなどを書いてるようで）のあとでパッと絵がでてくる動画をみたことがあるので、気になります。わざとやっているのではなさそうでしたが。

記録過程にレイヤー変更の手順をいれるとそうなってしまいますね。
考えていたのは、

1.必要なすべてのレイヤーを表示させる。
2.新規に描画レイヤーを作る。
3.動作記録開始
4.描画レイヤーに絵を書く
5.動作記録終了
6.全てのレイヤーを削除
7.新たに描画レイヤーを作る
8.キャプチャー開始
9.動作再生
10.キャプチャー終了

です。

もし、描画プロセスで、パーツAを描くのに、レーヤーAは必要でレイヤーBは非表示に、パーツBを描くのにレイヤーAは非表示に、レイヤーBは表示させる、という切替の必要がある場合でも、動作再生時（録画時）にレイヤーを操作するウィンドウを非表示にしておけばそこは何もないところをクリックするだけですので、問題なく再現できます。

１～１０は回答から理解していたとおりで、つまりレイヤー切り替えなしで１枚絵を描けば動作記録ができる（トレス１枚のみの手順ならＯＫ）ということだとおもいます。しかしそれでは「複数のレイヤーを使用して」という質問者の作業要求にこたえられないのでは。そこで後半のウィンドウ非表示というのにつながるのはとても理解できますが。

後半および全般的なことで、実際に動作可能なのかというとかなり難しいとおもいます。複数レイヤー＝塗りをふくめた作業を示唆しておられ、そのうち主線レイヤー１つだけ記録となると、さらっとしたデッサン程度ではなく塗りこみの絵なので、少なくとも２時間程度の動作記録タイムが可能で、さらにそれと同等の再生タイムによる動画作成が必要となるのでは。
（なお単純トレスのトレス元隠しをする場合は、なりすましとみられる可能性、つまり著作権の複製権の問題に発展する可能性があります）
　
またたとえば途中で鉛筆ブラシの太さをブラシパレットなりスクロールダウンによって変更するなどをうっかりやってしまっているとレイヤーウィンドウがないことや開始位置ずれなどによる位置ずれが発生してそこで止まる・ズレるなどが考慮され、長時間＝超複雑な手順の再現には堪えないような気がします。

なりすましは言い過ぎでした。でもお気をつけてください。
意図しない映り込みは著作権法３０条の２でＯＫなのですが、トレス元資料は確かにグレーゾーンで問題になりやすいと思います。問題になりそうなレイヤーはそこだけ先に作っておいて動画に取らないという手はよく拝見します。