私はVPNアドレッシングの理解に問題があります。 複数のサイトを接続している場合、エンドポイント（ルータ）の静的IPが必要か、FQDNでDHCPを使用できますか？

ルータの外側に、静的IPと動的IPのどちらを使うか、という質問だと思いますので、
慣れていないなら静的IPを使った方が楽、という回答になると思います。

重要なのは、（知らないと接続のしようが無いので）接続先のグローバルアドレスを知っている事です。動的な場合は、これが毎回変わるだけです。

「FQDNでDHCP」の部分は、ダイナミックDNSなどを利用して動的IPを割り当てたい、という事でしょうか。
通常は、DNSレコードで固定アドレスを割り当ててしまいますので、
ドメイン名に動的にIPアドレスを割り当てるのは特殊な例になります。
接続がうまくいかない場合もあるので、最初は静的IPで試しましょう。
（DDNSで割り当てたアドレスでも、最終的にアドレスが分かればいいので、
内容的には大差はありません。）

「vpn 入門」などで検索すると、色々でてくると思いますが、次のようなページに目を通してみるといいと思います。
ノマド・ワーカーのためのVPNクライアント設定入門
ネットワーク入門サイト-VPN

「複数のサイトを接続」の部分は、質問の意図がわからないので保留します。
（アクセス権がらみの問題を除いて、基本的には、1つの物理的なサーバに対して、ipアドレスを1個振るか2個振るか程度の違いかと思います。）