システム仕様の確認についてシステム基本設計文書の1ページ目に「このシステムの対象商品はA部門の商品とする」とあり、

これは本来、（製造に入る前に）設計者に確認すべき項目かと思います。

設計中に仕様変更があって詳細だけに反映されたのかもしれませんし、
単なる勘違いの場合もあります。
また、基本設計と詳細設計を別の方が担当されている場合は、
互いの認識が合っていない場合もあります。

少なくとも、質問の範囲内では、対象部門を固定にするのか、
可変（ユーザによる選択可）とするのかが不明です。
また特殊な例ですが「A部門」と「除外部門フラグを立てていない部門」の
一部あるいは全てが一致する場合もあるでしょう。
この辺りの詰めが甘かったのかなと思います。

ただ、実際にプログラムを書く段階では、主に詳細設計を見ながら進めるかと思いますので、その段階で基本設計との間に齟齬があることに気付かなかったとしても、製造者の不注意とは言い切れません。（通常であれば、詳細設計は当然に基本設計の内容を反映しているはずですので。）

判例という言葉を使われているので、検収時に発生した問題かもしれませんが、
設計者あるいは製造者のどちらか一方の責任とするのは無理があるような気がします。

> どちらの記述が最終仕様として重みがあるのでしょうか？

クライアントに聞けば一発で分かる事を
第三者に質問されてもねぇ（困惑）

後者の仕様で仕上げたら先方は前者の仕様で頼んだつもりでいて
仕様に沿ってない事を問題視されたとしよう

長期のプロジェクトならフローチャートの作成から始まって
中間報告を何度もすると思うんだ
そのうえでこちらの落ち度を指摘されたならば
こちらが勘違いしている事に気づく機会が何度もあったにもかかわらず
先方が勘違いに気付かなかった事を反論の足がかりにすればいいだろう
まあそんな事したらその企業から次の仕事は回って来なくなると思うけど
むしろフローを書いてるにもかかわらず
仕様上の矛盾に気づけない実力不足を嘆いたほうがいい

短期のプロジェクトだったら修正も１日２日で済むだろうから
チャチャっと直して終了じゃないの？

内容はどうあれ、不明点が検出されたのなら発行元に確認すべきかなと思います。推定で始末するのは不具合の元です。