javaの条件文で別ファイルから出力したい

クラスをどう設計するかは選択の幅があるところと思いますが一例です。

package testprogram;

import java.util.Scanner;

public class test {

	private static language lang;

	public static void main(String[] args) {
        Scanner scan = new Scanner(System.in);
        while (true) {
            System.out.print("値を入力してください: ");

            // キーボードから整数の入力を受け取る
            int score = scan.nextInt();

            lang = new language();
            if (score == 1) {
            	lang.showAlphbet();
            } else if ( score == 2 ) {
            	lang.showHiragna();
            } else if ( score == 3) {
                break;
            }
        }
        scan.close();
	}
}

package testprogram;

public class language {
	String hiragana[] = new String[10];
	String alphabet[] = new String[10];

	public language() {
	    hiragana[0] = "あいうえお";
		hiragana[1] = "かきくけこ";
		hiragana[2] = "さしすせそ";
		hiragana[3] = "たちつてと";
		hiragana[4] = "なにぬねの";
		hiragana[5] = "はひふへほ";
		hiragana[6] = "まみむもめ";
		hiragana[7] = "やゐゆゑよ";
		hiragana[8] = "らりるれろ";
		hiragana[9] = "わゐうゑを";
		alphabet[0] = "ab";
		alphabet[1] = "cde";
		alphabet[2] = "fg";
		alphabet[3] = "hij";
		alphabet[4] = "klmn";
		alphabet[5] = "opqr";
		alphabet[6] = "st";
		alphabet[7] = "u";
		alphabet[8] = "vwx";
		alphabet[9] = "yz";
	}

	public void showHiragna() {
		for( int i=0 ; i<hiragana.length ; i++ ) {
			System.out.println( hiragana[i]);
		}
	}

	public void showAlphbet() {
		for( int i=0 ; i<alphabet.length ; i++ ) {
			System.out.println( alphabet[i]);
		}
	}
}

文字列のセットを取得する方法もあるでしょうし、文字列セットをクラスとして実装する方法もあると思います（個人的にはここまでやったほうがきれいな気がしますが）。