海外の会社が日本国内のサーバーを利用する場合の法適用について

なるほど。私が書いた次の段階の実務の問題ですか？
日本にあるサバですから、その物件に対して強制捜査を行えます。裁判所命令次第で、差し押さえ、運用停止、etc
誰のものであろうが無人だろうが何だろうが、物は日本にあるのですから問題ありません。
賃貸であれ何であれ、物置だろうがビルだろうが日本に存在するわけです。鍵開ける人がいなければ壊すだけです。浅間山荘やオウムのサティアン同様、重機だって持ち出します。裁判所命令とはそれだけの権限があるのです。家宅捜査令状が取れれば、速攻でそこへ行き、無人だったり鍵を開けないなら強制的に家宅捜査するだけです。事前通知なんてもちろんしません。証拠隠滅されてしまいます。海外にいるならご愁傷様。知った時は何も残ってません。
ただし、治外法権はどうしようもありません。外務省経由で頭下げて入れて下さいとお願いするしかありません。
その所有者、契約者自身については、その法人含む人は相手国の法律が適用されます、原則としては。
ただ、日本の法律に違反し、日本で犯罪行為を行ったわけですから、その範囲においては日本の法律が適用され、有罪、無罪決定できます。海外旅行者が日本で犯罪を犯し、発覚する前に帰国してしまった場合と同様です。
犯罪者引き渡し条例を結んでいる国なら、相手国警察へ逮捕を依頼し、日本から引き取りに行って護送してきて日本の裁判所へ入る事になります。数少ないですが条例のない国であればどうにもなりません。北朝鮮へ逃れたよど号事件の犯人のように・・
ただし、当人が日本へ入国しようとすれば、探知されて国境を越えた時点で逮捕できます。