Excel 2013で開いていないファイルが表示される

VBAを利用して複数のCSVファイルをマージするプログラムを作成しました。
・dir関数でファイル一覧を作成
・空のブック（マージ先のファイル）を作成
・ファイル一覧を1つずつ開く
・データを空のブックに順次追加
・開いたCSVファイルを閉じる
（開く～閉じるの繰り返し）
この状態でマージは問題なく終了するんですが、開発タブの中にあるVisual Basicボタンをクリックして表示されるウィンドウ内のプロジェクトの中にマージしたファイルのうちの2つが表示されます。
表示されているファイルと同じものを開いてもエラーメッセージは表示されずにそのまま閉じても表示が消えません。何もしないならいいのですが、メモリを占有しているのか開いているだけで処理が非常にゆっくりになります。
一度Excelを終了すれば消えてくれるのですが、何か解決策はありませんか？
※Workbooks(xxx).close falseでも閉じることができません。