自作PCについて教えてください。

基本的にはCMOSクリアでは削除されません。
RAIDを同じ設定に戻せば読み込めるようになる場合がほとんどです。
心配なら一度テストしてみると良いでしょう。

ちなみに用途にもよりますが、SSDでRAID0を組んでも体感速度は変わらないと思います。
大きいファイルをたくさん読み込むならともかく最近のSSDならシーケンシャルは既に速いですし、RAIDを組むことで逆にランダムアクセスが遅くなることもあります。
RAIDのリスクに見合った速度向上が望めないので、個人的には速いSSDを1つ買った方が良い気がします。