Gmailで独自ドメインメールを設定すると、通常のGmailのメールとごっちゃに混ざるのでしょうか？

https://www.onamae.com/column/domain/47/

＞ごっちゃになる

に近いと思います。

もちろん、ラベリング、フィルタリングも簡単ですし、

別アカウントを取得して、そこで独自ドメインの設定を行えば、

アカウントの切替（＝右上のアイコン等で切り替える）で管理できるようになります。

Gmailで独自ドメインのメールを設定する場合、Google Workspace（旧G Suite）というサービスを利用することになります。Google Workspaceを利用することで、独自ドメインのメールアドレスでGmailを使用できます。

通常のGmailアカウントと独自ドメインのメールアカウントは別々に管理されます。ブラウザでログインしている場合、右上のアカウントアイコンをクリックして、別のアカウントに切り替えることができます。切り替えたいアカウントがリストにない場合は、「アカウントを追加」をクリックして、新しいアカウントを追加できます。

また、Gmailのアプリ（iOSやAndroid）では、アカウントを追加し、左上のメニューからアカウントを切り替えることができます。アカウントごとに受信ボックスが分かれているため、通常のGmailアカウントと独自ドメインのメールアカウントのメールが混ざることはありません。

なお、複数のメールアドレスを一つのGmailアカウントで管理する方法もありますが、この場合、受信ボックス内でメールが混ざることがあります。ただし、受信メールの横に表示されるアドレスを見ることで、どのアドレス宛のメールかを判断できますし、フィルタを設定することで、受信メールを自動的にラベル付けしたり、特定のフォルダに振り分けることもできます。