HTML::Templateのv2.7で見るとvanguard_compatibility_modeによって処理が行われているのは1787-1788,2239-2240行目ですね。
$options->{vanguard_compatibility_mode} and
$self->{template} =~ s/%([-¥w¥/¥.+]+)%/<TMPL_VAR NAME=$1>/g;
$options->{vanguard_compatibility_mode} and
$included_template =~ s/%([-¥w¥/¥.+]+)%/<TMPL_VAR NAME=$1>/g;
該当のソースを見る限り、TMPL_VAR以外には影響が無いと思われます。
<TMPL_LOOP>の方はHTML::Templateファイルの該当箇所を全て別の単語に書き換えれば可能だと思いますが・・・流石にそれはしませんよね。
ありがとうございます。